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Zu jedem Wertpapierdepot muss auch ein Referenzkonto geführt werden. Wird das Wertpapierdepot bei der Hausbank eröffnet, kann das laufende Girokonto diese Funktion übernehmen. Ansonsten wird ein separates Konto als Referenzkonto eingerichtet. Kauf- und Verkaufsaufträge sowie Gutschriften von Dividenden werden ausschließlich über das Referenzkonto vorgenommen. Bei einem separaten Referenzkonto, das zusätzlich zum laufenden Girokonto geführt wird, sollte unbedingt darauf geachtet werden, dass keine Kontoführungsgebühren anfallen. Manchen depotführenden Banken bieten sogar eine attraktive Verzinsung des Referenzkontos an; dies ist insbesondere dann lohnend, wenn auf diesem Konto größere Beträge für einen längeren Zeitraum stehenbleiben sollen, zum Beispiel als Reserve für den Kauf von Aktien zu besonders günstigen Notierungen. Auch die Kombination eines Wertpapierkontos mit einem Tagesgeldkonto kann sehr attraktiv sein. Bei diesem Konzept werden nicht benötigte Guthaben automatisch dem Tagesgeldkonto gutgeschrieben und dort zu recht hohen Sätzen verzinst. Bei gegebener Bonität kann bei vielen Depotbanken auch ein Dispositionskredit auf dem Referenzkonto eingeräumt werden. Das ist sehr praktisch, um sicherzustellen, dass immer genügend Deckung für die schnelle Wahrnehmung besonders günstiger Kaufgelegenheit vorhanden ist.